Am 24. Juli 1035 stiftete Graf Leodegar, ein Eichstätter Domherr, auf Anregung des Eichstätter Bischofs Heribert am Grab der hl. Walburga, wo bereits seit dem 9. Jahrhundert ein Kanonissenstift bestand, die Benediktinerinnenabtei St. Walburg.
Am 24. Juli 1035 stiftete Graf Leodegar, ein Eichstätter Domherr, auf Anregung des Eichstätter Bischofs Heribert am Grab der hl. Walburga, wo bereits seit dem 9. Jahrhundert ein Kanonissenstift bestand, die Benediktinerinnenabtei St. Walburg.
Im Jahre 1806 wurde die Abtei St. Walburg säkularisiert. Der Säkularisationsbeamte Joseph Barth notierte über den inneren Zustand der Klostergemeinschaft von St. Walburg: Ich bin schon in mehrere Klöster, aber noch in keines gekommen, wo ich eine so ganz gute Harmonie, vollkommene Zufriedenheit aller Glieder, und eine Einigkeit unter ihnen antraf, die andern zum auferbaulichen Muster aufgestellt werden dürfte.
Auf ihren ausdrücklichen Wunsch hin wurde den Nonnen gestattet, nach der Aufhebung ihr klösterliches Leben fortzusetzen und im Kloster bleiben zu dürfen.
Während der Jahrzehnte der Aufhebung gaben die Schwestern die Hoffnung auf eine Wiedererrichtung der Abtei nie auf. Diese Hoffnung erfüllte sich am 7. Juni 1835, als König Ludwig I. von Bayern das Kloster wiedererrichtete. Damals lebten noch 13 Schwestern des alten Konvents. Bedingung für die Wiedererrichtung war die Übernahme der Mädchenschule von Eichstätt.
Im Jahre 1914 wurde das Kloster durch König Ludwig III. von Bayern wieder zur Abtei erhoben und die damalige Priorin Karolina Kroiß (1902/1926) zur Äbtissin gewählt. Der Konvent zählte damals ca. 57 Mitglieder, etwa die Hälfte von diesen war als Lehrerinnen in der Schule eingesetzt.
Zur Zeit des Nationalsozialismus unterrichteten keine Klosterfrauen in der staatlichen Grundschule. Erst nach dem Ende des 2. Weltkrieges nahmen sie ihren Schuldienst wieder auf. Koedukativ geführt und somit Sprengelschule für den östlichen Teil der Stadt wird die Schule ab 1980. Durch den Rückgang an Hauptschülern wurde eine reine Grundschule mit den Jahrgangsstufen 1 bis 4 aufgebaut.
In jüngster Zeit ab 2015 entwickelte sich die Grundschule St. Walburg zu einer offenen Ganztagsschule für die Kinder unserer Stadt.